MMQ = Madrasah Murottilil Qur-an adalah dirintis dan didirikan oleh al mukarrom K. H. Maftuh Basthul birri. Bermula dari mengaji Al Qur-an dengan sistem sorogan (mengaji satu persatu) yang diasuh langsung oleh beliau sendiri dimulai sekitar tahun 1397 H./ 1977 M.
Dari hari ke hari murid atau santri yang ikut mengaji sorogan terus bertambah dan bertambah. Maka sekitar tahun ‘'79 / ‘80 M beliau dengan modal beberapa santrinya berhasrat untuk mendirikan Madrasah yang khusus menekuni dalam bidang membaca Al Qur-an dengan nama ''Madrasah Murottilil Qur-an" dan pada tahun ini pula beliau telah mengarang kitab yang khusus menerangkan ilmu tajwid dengan nama "Fathul Mannan" yang sampai sekarang terpakai dimana-mana. Bahkan telah diIndonesiakan dan ditambahi gamblang dan lebih sempurna uraiannya, bernama “Standar Tajwid”.
Setahun kemudian, karena santri-santri yang mengaji itu dari berbagai daerah dan dianggap penting untuk menambah materi pelajaran, maka dibentuklah jam'iyyah /suatu kumpulan yang diharapkan sebagai forum ta'aaruf antar santri dan merupakan pendidikan yang bersifat non formal (extra kurikuler). Jam'iyyah ini juga diberi nama "Jam'iyyah Murottilil Qur-an". Diantara kegiatannya juga menangani belajar qiro-ah lagu (seni baca Al Qur-an) yang sampai sekarang tetap berjalan cuma sudah diluar penanganan MMQ. Jam'iyyah Murottilil Qur-an (JMQ) ini Alhamdulillah sampai sekarang terus berjalan dengan lancar dan baik. Diantara kegiatan-nya, setiap pertengahan tahun dipergunakan untuk khataman siswa yang telah lulus 30 juz, dengan bacaan-bacaan Al Qur-an yang bervariasi bagaikan tayangan dan rekaman dari surga dan dihadiri oleh para calon pasti penghuni surga yang banyaknya hanya 60.000 / enam puluh ribu dari mahluk suci para Malaikat Alloh.
Jumlah siswa terus bertambah sehingga beliau kewalahahan untuk menanganinya, maka pada tanggal 27 Sofar 1414 H / 15 Agustus 1993 M dibentuklah sruktur personalia pengurus dan pengajar MMQ, setelah MMQ berdiri selama sepuluh tahun. Maka di pondok pesantren Lirboyo, Madrasah Murottilil Qur-an ini sebagai salah satu unit pendidikan yang khusus membidangi baca Al Qur-an untuk para santri putra saja dengan segala tingkatan.
1. Tingkat I : tingkat Ibtida-iyyah (dua waktu; ada yang masuk pagi dan ada yang sore).
2. Tingkat II : tingkat Tsanawiyyah (dua waktu; ada yang masuk pagi dan ada yang sore).
3. Tingkat III : tingkat 'Aliyyah (bin nazhor 30 juz, hanya masuk pagi saja).
4. Tingkat IV : tingkat Tahaffuzh (menghafalkan dan mengulang-maherkan hafalan).
5. Tingkat V : tingkat Ibtidak Sab’atul Qiro-at (baru mulai tahun 2000 M).
6. Tingkat VI : tingkat Sab’atul Qiro-aat dan Tafsir.
